{"id":212,"date":"2010-08-05T19:16:00","date_gmt":"2010-08-05T19:16:00","guid":{"rendered":"http:\/\/lina.ufpi.br\/vinicius\/?p=212"},"modified":"2021-08-05T19:18:48","modified_gmt":"2021-08-05T19:18:48","slug":"automatizacao-do-processo-de-modelagem-de-moleculas-hla","status":"publish","type":"post","link":"http:\/\/lina.ufpi.br\/vinicius\/?p=212","title":{"rendered":"Automatiza\u00e7\u00e3o do processo de modelagem de mol\u00e9culas HLA"},"content":{"rendered":"\n<p><strong>Vig\u00eancia:<\/strong> 2020-2021<\/p>\n\n\n\n<p><strong>Resumo:<\/strong> Uma das maiores barreiras ao sucesso do transplante de \u00f3rg\u00e3os s\u00f3loidos s\u00e3o as rejei\u00e7\u00f5es mediadas por anticorpos do receptor, dirigidos a mol\u00e9culas HLA espec\u00edficas do doador (DSA). Uma poss\u00edvel solu\u00e7\u00e3o a essa problem\u00e1tica \u00e9 o desenvolvimento de m\u00e9todos que permitam predizer acuradamente o surgimento de tais rejei\u00e7\u00f5es. Com esse racional em mente, imunogeneticistas e bioinformatas tem somado esfor\u00e7os na tentativa de identificar tanto os anticorpos anti-HLA quanto os seus potenciais ep\u00edtopos por eles reconhecidos nas suas mol\u00e9culas alvo. Nesse sentido, alguns importantes avan\u00e7os j\u00e1 foram alcan\u00e7ados, como por exemplo a determina\u00e7\u00e3o de potenciais alvos na estrutura prim\u00e1ria de algumas mol\u00e9culas. Sabe-se, por\u00e9m, que determinantes antig\u00eanicos para anticorpos est\u00e3o em configura\u00e7\u00e3o tridimensional ao inv\u00e9s de linear. Isso significa, que a conforma\u00e7\u00e3o dos alvos antig\u00eanicos preditos, bem como a descri\u00e7\u00e3o daqueles ainda n\u00e3o determinados, exigem o conhecimento detalhado da estrutura tridimensional das prote\u00ednas HLA. Mol\u00e9culas<\/p>\n\n\n\n<p>HLA s\u00e3o o produto da express\u00e3o dos genes mais polim\u00f3rficos que se conhece em humanos. De fato, somente para os genes HLA de classe I, s\u00e3o conhecidos atualmente 12631 alelos, um n\u00famero que est\u00e1 em franca expans\u00e3o, gra\u00e7as ao advento da nova tecnologia de sequenciamento de DNA, NGS (NewGeneration Sequencing). Do montante de mol\u00e9culas HLA de classe I descritas, apenas um n\u00famero muito pequeno possui estruturas cristalogr\u00e1ficas determinadas. Al\u00e9m disso, da mesma forma que para mol\u00e9culas HLA de classe I, mol\u00e9culas HLA de classe II s\u00e3o tamb\u00e9m muito numerosas e possuem pouqu\u00edssimos alelos resolvidos cristalograficamente. O descompasso entre a necessidade de estruturas tridimensionais de alta qualidade de prote\u00ednas HLA (para a determina\u00e7\u00e3o de alvos de anticorpos anti-HLA) e a car\u00eancia de tais estruturas nos bancos de dados atualmente dispon\u00edveis come\u00e7ou a ser enfrentada pela cria\u00e7\u00e3o do banco de dados de estruturas tridimensionais preditas para as referidas mol\u00e9culas HLA. Tal banco, cujo nome \u00e9 pHLA3D (www.phla3d.com.br), foi desenvolvido por nosso grupo no laborat\u00f3rio de imunogen\u00e9tica e Biologia Molecular da UFPI (LIB-UFPI) e tem se mostrado muito valioso para a comunidade cient\u00edfica, figurando, por dois anos consecutivos entre os 10 artigos mais citados da revista em que foi publicado.<\/p>\n\n\n\n<p>Embora a constru\u00e7\u00e3o do pHLA3D tenha sido um passo muito importante para no que tange ao reposit\u00f3rio de estruturas 3D de mol\u00e9culas HLA, o n\u00famero de tais estruturas que ele cont\u00e9m ainda \u00e9 muito modesto. Para a forma esse reposit\u00f3rio \u00e9 utilizada a ferramenta Modeller. Para a constru\u00e7\u00e3o do modelo molecular, o Modeller utiliza como molde uma ou mais prote\u00ednas que j\u00e1 t\u00eam um modelo tridimensional determinado e validado experimentalmente, depositado no PDB (do ingl\u00eas, Protein Data Bank). Esse processo \u00e9 feito de forma \u201cmanual\u201d no qual o usu\u00e1rio tem que passar por diversas telas at\u00e9 que o modelo 3D seja gerado. Portanto, o objetivo deste trabalho \u00e9 a automa\u00e7\u00e3o desse processo atrav\u00e9s de agentes inteligentes (Russell &amp; Norvig, 2000). Isso dar\u00e1 agilidade \u00e0 ferramenta de modelagem e possibilitar\u00e1 o aumento significativo de mol\u00e9culas tridimensionais modeladas no pHLA3D.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Vig\u00eancia: 2020-2021 Resumo: Uma das maiores barreiras ao sucesso do transplante de \u00f3rg\u00e3os s\u00f3loidos s\u00e3o as rejei\u00e7\u00f5es mediadas por anticorpos do receptor, dirigidos a mol\u00e9culas HLA espec\u00edficas do doador (DSA). Uma poss\u00edvel solu\u00e7\u00e3o a essa problem\u00e1tica \u00e9 o desenvolvimento de m\u00e9todos que permitam predizer acuradamente o surgimento de tais rejei\u00e7\u00f5es. 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